《黑客帝国》的故事描述了一个机器文明所主宰的新世界，这系列作品由三部真人电影和九部动画短片构成，其中第一部电影诞生于1999年。

电影开始，男主角尼奥是个普通的上班族，一天一群神秘人找到他，领头人墨菲斯告诉尼奥他其实活在虚拟世界。原来很久之前机器与人类发生过一场战争，最终的胜利者是机器。此后地球上的人类分成了两部分，其中一部分人活在由机器所编写创造的虚拟世界“母体（矩阵）”中，只是他们自己完全不知道。在真实世界中这些人其实都是机器的“电池”，作用是为机器提供生物电能源。另一部分人则生活在真实世界中一个叫锡安的地下城，他们继续跟机器进行战斗，希望重新获得地球的主宰权。真实世界的人也可以通过电脑随时接入母体。

在虚拟的安逸与痛苦的真实之间，尼奥选择了后者。他从母体中逃离，面对黑暗的真实世界。后来，墨菲斯与母体中的“先知”又告诉尼奥他的身份其实是救世主。在母体中与史密斯特工（负责维持母体稳定的程序）交战的过程中，尼奥不断提升实力，最后直接开挂，可以做到死而复生、暂停子弹、随意修改物理规则，成为了真正的救世主。

在世纪之交的1999年，《黑客帝国》可谓横空出世。受其影响，佛教禅宗、基督教神学、虚无主义以及存在主义等形而上哲学竟然开始在流行文化领域大行其道。除了深邃的思想外，身为导演兼编剧的沃卓斯基兄弟在视觉与特效方面也极富想象力，例如电影中出现的子弹时间、中国功夫、皮衣墨镜造型以及哥特式场景立刻被许多电影所模仿。在第二年的奥斯卡奖上，《黑客帝国》获得了四项技术奖。

总之，《黑客帝国》的故事、特效、动作场面、世界观和哲学内涵共同将好莱坞商业电影提升到了一个前所未有的新高度，充满冒险风格的传统科幻片在它面前显得幼稚又陈腐不堪。沃卓斯基兄弟给科幻电影带来一次全新的巨大冲击，而这一切，仅仅是开头而已。

在好莱坞，一部电影成功之后，续集八成会接踵而来。沃卓斯基兄弟决定将第二部与第三部《黑客帝国》同时拍摄。不过他们强调这可不是为了从观众口袋里捞钱，因为《黑客帝国》从一开始就是一个完整的故事，只是最早时由于缺乏资金，只能先完成第一部。于是，到2003年，《黑客2》与《黑客3》在同一年接连上映了。

在第一部的结尾，尼奥已经成为救世主，按照人们的思维惯性，第二部当然要讲尼奥带领革命军推倒旧制度的故事：主线应该是人类反抗军以锡安为根据地与机器展开大战，最后摧毁母体，解放全人类。然而，实际的后续剧情甚至比第一部还更具颠覆性。

在第二部，尼奥见到了母体的建造者———设计师。设计师向他揭露了另一重真相：机器虽然有强大的执行力和严密的逻辑思维，但却没有人类丰富的想象力和复杂情感，这禁锢了机器的进一步发展。因此，机器创建虚拟的母体世界不仅仅是为了获取稳定的生物能源，同时也是为了通过不断学习人类来实现自我升级。

然而，总有1%的人天生具有强烈的自主意识，他们会对世界的真实性产生怀疑，进而与母体产生不兼容，当这些缺陷积累到一定程度时整个母体系统都会崩溃。于是，设计师又建造了另一个母体世界———锡安，并把这些危险分子放入其中。平时机器可以观察锡安中那些反抗者的行为来继续充实自己，一旦反抗者的危害达到上限，机器就将锡安这个母体直接销毁。

因此，人类最后的根据地“锡安城”只是机器故意放出的世外桃源，其作用仅仅是容纳母体内的叛逆者，从而维护母体的稳定运行。锡安并不是真实世界，它是机器编制的另一个系统而已。救世主的本质其实是母体中所有异常因素的综合体，是一段无法删除的缺陷。设计师既然无法修复这个缺陷，于是干脆将其改为一个程序。这个程序会引导锡安定期毁灭，促进母体进化。因此，尼奥本质上只是一个获得了救世主“权限”的反叛者。由于装载了救世主程序，他能够修改母体中的某些参数，所以才可以在母体中上天遁地快速移动。先知也是一个精心设计的程序，她看似是在帮助人类，实际这也是宏观计划的一部分。先知的作用是指引救世主（尼奥）获得救世主程序，从而打破系统平衡，实现系统升级。

到了第三部时，锡安城的人类跟几十万机器大军展开血战，尼奥则冲向机器世界的中心，与机器之主达成了一个交换条件：原来，特工史密斯由于无意间复制了尼奥的程序，同时又吸收了先知程序，成长为一个超级病毒，他成为母体的巨大威胁。机器之主答应尼奥，只要他帮忙消灭史密斯，自己就会保留住锡安。最终，尼奥与史密斯同归于尽，信守承诺的机器从锡安撤退。经历过锡安战争与病毒威胁的机器也顺利完成新一代进化，它们甚至已经能够理解“爱”是什么。结尾时一个印度小女孩望着升起的太阳，昭示了机器再一次突破极限。

在科幻电影史上，很少能有作品像《黑客》这样，从一个高概念出发，逐渐呈现出如此完整的世界观架构，三部曲形成了一个完美闭环。《黑客帝国》的后两部完全颠覆了好莱坞续集电影套路化的问题，将本系列的哲学命题从第一部中的真实虚拟之分推向了新物种进化。

从生物学角度看，进化最关键之处就在于没有方向，充满随机与偶然；而精密运转的机械文明则不能产生随机突破，因此它们要通过饲养人类和设计母体获得足以产生进化的随机性。设计师的选择是“缺陷”积攒到一定程度就“重启”系统（Reload，对应的正是第二部的片名）。这是一种温和的改良，而先知的选择则是干脆“革命”（Revolution，对应的正是第三部的片名），彻底改造母体。虽然革命很危险，可一旦变革成功，带来的就是更强大、持久和稳定的系统。这其实也是人类文明发展历史的演绎：一个体系自我可控的变革虽然会让体系不断升级，但是内部矛盾也会积累，只有彻底推倒重建，才是避免积重难返的唯一方法。

文艺复兴和启蒙运动确立人的主体地位，而在《黑客帝国》中，核心冲突是机器改良派与机器革命派之间的博弈。机器进化是真正故事主线，人类不再是主宰，只是机器达成自身进化的手段，是彻底的“工具人”。电影中人类反抗者作出的所有挣扎和努力，其实都是遵循机器精密计算出的程序。

更有意思的是，电影中机器的做法其实恰恰与人类进化史在某种程度上是相对应的。一方面，由于适应环境才是进化终极目标，如果一个物种长时间置身于稳定环境中，它们会逐渐接近对环境的最适应水平。在这种情况下，这个物种在基因层面已经达到了最适应状态。正常范围内的基因变异（也就是物种自发的基因变异）不会再显著提高个体对环境的适应性，因此，物种的生物进化会降至极为缓慢的速率。一些已经极端适应环境的物种，如海蜇、剑吻鲨、蟑螂、岩鼠，它们的生物性状甚至几千万年都几乎没有变化。

另一方面，环境变化往往构成进化的直接动力。地球从诞生起经历过四次大冰期以及无数次小冰期，严寒酷暑总是不断交替变化。地球气候最温暖时南极也曾森林广布，而最寒冷时地表三分之一的面积都被冰雪覆盖。伴随着气候变化，植物与生态环境也必然会产生巨大改变，从而对动物的生存和形态演变产生深刻影响。许多深海生物（如海星、剑吻鲨与章鱼等）数亿年来几乎没有什么变化，正是因为深海环境较少受地球温度变化的浸染，这些动物在几亿年前就到达了合适的优化状态。

与其他动物不同，人类祖先不仅适应了生存环境，还创造了他们的生存环境。我们人类总是不断构建新的进化景观，将自身暴露在新气候、新寄生物、新食物选择、新社会关系以及新社会结构的进化压力下。这些新的进化压力又会反过来对我们的身体和心灵产生新的适应需求，如此循环往复。例如，原始语言一旦产生，它就对人类的大脑结构和其他生理特征施加了选择，导致那些有利于语言学习的大脑或基因更容易保留下来。

在最近1万年，人类对世界的改造达到了顶峰，因而导致遗传变异也愈发频繁。在生物学中，这种观点被称为“基因—文化协同进化”理论，也就是说，由于人类的文明活动重塑了生态与社会背景，对自身施加了选择压力，因而导致我们生物进化速度变得更快。许多科学家相信，人类与环境间独有的反馈机制造成了我们这一物种与其他动物的分裂。人类毫无疑问是生命演化树上的一份子，但我们进化的动力却与其他动物不同。在很大程度上，我们人类是自己创造的生物。《黑客帝国》中机器的选择，恰如人类一样，是通过重塑自身的生态背景，“引导”自身进化之路的。